土壤也有生命，微生物正是土壤生命的体现者。
所谓土壤微生物，主要指的是生活在土壤中的细菌、真菌、放线菌、藻类的总称，它们是土壤不可或缺的重要组成部分。这些细小到肉眼看不到的微生物，是土壤生物肥力的核心，也是土壤生命的重要“调控者”。
微生物与土壤
微生物在土壤中中发挥着两个主要的作用：
一方面，它们是土壤的“厨师”，它们的生命活动可增加土壤中氮磷钾等营养元素的供应，帮助农作物顺利地吸收这些营养元素，并将土壤中一些不能被作物直接利用的物质转换成可利用的状态；
另一方面，它们又是土壤的“医生”，对土壤进行“改良”与“修复”，调控和维护土壤的健康质量，最终实现土壤的可持续生产力的提升。正是因为它们的存在，土壤才有了灵魂。
当然，这些土壤微生物对农业发展也有好坏之分，一旦土壤中有害微生物占据主导地位，那么土壤就会失去调控能力，就会生病。
判断土壤生病的一个重要依据，就是看是否出现了土传病害。农作物的病害大致有两种，即侵染性病害和非侵染性病害，而侵染性病害一种是空气传播的病害，一种就是土壤传播的病害。一旦土壤生病了，病虫害就会出现，农作物就会出现不良的生长发育现象，甚至死亡。
土壤中的微生物群落，种类繁多，有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等，它们协同合作、功能多样：有些微生物帮助土壤形成团粒结构、有些微生物帮助活化养分（解磷固氮活钾）、有些微生物分解有机质、有些微生物降解农残……
正是有了这些数量庞大的土壤微生物们，它们生活在神秘的地下世界中，就像一支支精锐部队一样，群体合作，相互配合，对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变发挥着巨大的作用。正是有了土壤微生物的默默耕耘，才有了大地春华秋实的生生不息！
微生物肥料作为外源微生物与作物和土壤环境的媒介，是由一种或数种有益微生物、经工业化培养发酵而成的生物性肥料，应用于农用生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。
随着科学技术的进步和微生物工程在农业的应用，更多有益微生物被制成肥料，投入到了农业生产当中。下面介绍微生物肥料中常见有益微生物的功能：
常见农用微生物的作用
1、枯草芽孢杆菌
固氮，降低土壤中脲酶的活性，减缓尿素分解，增加土壤胶粒对其水解产物的吸收，减少氮素的流失；增加土壤养分、改良土壤结构、提高肥料利用率；分泌抗菌物质，如枯草菌素、多粘菌素、短杆菌肽等活性物质，抑制病原微生物的生长和代谢，可有效减少土传病害的发生；吸附在病原菌菌丝上，对病原菌细胞结构有溶解作用；产生类似细胞分裂素、植物生长激素的物质，促进植物的生长，使植物抵抗病原菌的侵害，同时增强作物抗旱、抗寒等抗逆境的能力；促使土壤中有机质分解成腐殖质；
2、巨大芽孢杆菌
解磷（磷细菌），在繁殖过程中产生大量有机酸，具有很好的降解土壤中有机磷和黄曲霉毒素的功效；将它施用到到烟叶上对提高烟叶发酵增香效果独特；能够分泌蛋白质，对多种有害真菌有拮抗作用；能够在作物表皮细胞形成角质双硅层，阻碍病菌；提高肥料使用率，促进植物吸收养分，提高肥效，其代谢产生的聚麸胺酸具有较强的保水、保肥能力；对棉花立枯病菌、小麦纹枯病菌、全蚀病菌、茄假单胞杆菌、枯萎病菌、黄萎病菌、白叶枯病菌、根瘤镰刀病菌都有较强的抑制作用，是生产生物有机肥的常用菌种，也是制作水体处理剂的常用菌种。
3、胶冻样芽孢杆菌
活磷钾（硅酸盐细菌），释放出可溶性磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素；产生多种生理活性物质（GA、IAA、CTK等）和氨基酸等，刺激作物生长，提高植株抗旱、抗寒等抗逆能力，增产提质；小麦的白粉病、棉花立枯病、黄枯萎病等等，进而减少部分农药的使用，减轻农药污染；分解有机质等，提供作物所需营养。
4、解淀粉芽孢杆菌
分泌抗菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，对番茄叶霉病菌、早疫病菌、灰霉病菌、黄瓜枯萎病菌、炭疽病菌、甜瓜枯萎病菌、辣椒晚疫病菌、小麦、水稻纹枯病菌、玉米小斑病菌、大豆根腐病菌等土传病害具有显着防效；诱导寄主产生抗氧化酶，提高抗性；诱导植株分泌内源生长素，促进植物生长，延缓衰老；降解农残，减少亚硝酸盐含量，提高果蔬维生素和糖含量，增产提质，易贮藏运输。延长肥效，提高肥料利用率；活化磷钾，改良土壤。
5、地衣芽孢杆菌
抑制土壤中病原菌的繁殖和对植物根部的侵袭，减少植物土传病害，预防多种害虫爆发；提高种子的出芽率和保苗率，预防种子自身的遗传病害，提高作物成活率，促进根系生长；改善土壤团粒结构，改良土壤，提高土壤蓄水、蓄能和地温，缓解重茬障碍；抑制生长环境中的有害菌的滋生繁殖，降低和预防各种菌类病害的发生；促使土壤中的有机质分解成腐殖质，极大的提高土壤肥效；促进作物生长，成熟，降低成本、增加产量，提高收入。
6、侧孢芽孢杆菌
侧孢芽孢杆菌是一类好氧型芽孢杆菌，其显著特点是可以产生独木舟状的伴孢体，伴孢体与侧孢芽孢杆菌的生物学功能性密切相关，并与芽孢紧密相连，
与有害微生物竞争，抑制或降低有害微生物菌群；分泌多种消化酶，分解有机质；合成多种氨基酸、维生素，促进根系生长，提高肥效，促进生长；激活作物免疫系统，提高植株抗性；产生分解硫化物的酶类，分解病原菌和粪类有机肥中产生的有毒有害物质，从而改善植物根际环境；伴孢体中的蛋白质对无脊椎动物（线虫、昆虫等）具有致病性；侧孢芽孢杆菌能分泌多种物质对多种植物病原真菌（小麦赤霉、稻瘟病菌等）产生强烈的抑菌作用，同时对部分细菌（枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌）也有明显的抑制效果。分泌多肽物质，其抑菌谱很广，对多数G+菌（金黄色葡萄球菌、链球菌）、G-菌（大肠杆菌）和部分真菌（白假丝酵母菌）均产生不同程度的抑菌作用；具有降解有机磷农药和重金属的作用。
7、侧孢短芽孢杆菌
侧孢短芽孢杆菌（Brevibacilluslaterosporus）属类芽孢杆菌科，短芽孢杆菌属，是一种杆状的、产内生孢子的兼性厌氧细菌，能够产生其特有的独木舟状伴孢体（CSPB），紧紧地依附于芽孢一侧，从而使其芽孢侧生。生长温度范围15~45℃，适宜PH范围为6-9。
侧孢短芽孢杆菌在自然界分布广泛，具有多种生物活性。侧孢短芽孢杆菌产生的抗菌物质种类丰富，如非肽类芽孢菌胺、肽类抗生素、聚酮化合物以及几丁质酶，对各类真菌和细菌都表现出广谱的抑菌活性。侧孢短芽孢杆菌具有产生聚酮化合物、非核糖体肽和毒素等物质的潜力。还能够产生氨基肽酶抑制剂、戊二酰基7-ACA酰基转移酶、凝血酶抑制剂、赖氨酸等活性物质，此外侧孢短芽孢杆菌也是哺乳动物和鸟类的益生菌。
多种侧孢短芽孢杆菌对不同无脊椎动物（如昆虫、线虫和软体动物）都具有致病性。其杀虫活性主要是由于伴孢体中所含蛋白质对多种昆虫具有毒性作用，接触或入侵靶标后，在细胞生长周期不同阶段产生不同物质，从而起到毒性作用。
8、苏云金芽孢杆菌
芽孢杆菌属细菌中的一种昆虫病原菌。G+、短杆状，单生或成短链，产芽孢、以周生鞭毛运动。形态和生化特征与蜡状芽孢杆菌极其相似，仅在形成伴孢晶体上有显著差别。本菌可寄生于多种鳞翅目幼虫中，以及一些膜翅目、双翅目、直翅目和鞘翅目的昆虫体内。不同菌株可产生不同的毒素，并特异地杀死不同的昆虫，伴孢晶体约占芽孢干重的20%-30%，主要由蛋白质和糖类组成，含δ内毒素，它是所有亚种的共有毒素。此外还有β外毒素等多种其他毒素。
伴孢晶体只是毒素的前体，本身无杀虫作用。当昆虫吞食后，在肠道碱性pH（7.5～8.0）下与特定蛋白酶作用，使伴孢晶体变成有活性的毒性分子（相对分子质量为6.8×），它插入小肠上皮细胞中就成了离子通道，造成胞内ATP大量流出，15min后，细胞代谢终止，昆虫停止进食，最后脱水死亡。此外，吞食的芽孢也会在昆虫肠道中萌发，并大量增殖，最后穿透肠壁进入血液，引起败血症。β外毒素为一种胞外毒素，是小分子量（）的腺嘌呤核苷酸衍生物，可溶于水，热稳定，是RNA聚合酶的竞争性抑制剂，可干扰昆虫发育激素的合成，导致幼虫发育畸形或不能正常化蛹。
苏云金芽孢杆菌对鱼类、蜜蜂安全，但对家蚕高毒。具有专一、高效和对人畜安全等优良特性。
9、胶质芽孢杆菌
有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力；
10、凝结芽孢杆菌
可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量；
11、泾阳链霉菌
具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力；
12、菌根真菌
扩大根系吸收面，增强植物对养分的吸收能力（尤其是磷），促进植物生长；相互有利、互为条件的共生体增加了植物抵抗逆境的能力；菌根菌能合成生物活性物质，促进植物生长、改善品质；增进水分吸收能力以增强抗旱性；菌根菌可预防病原菌侵害；菌根菌可改善土壤结构。
13、棕色固氮菌
固定空气中的游离氮，增产；
14、圆褐固氮菌
固氮、提高作物产量；
15、放线菌
从光合细菌中获取氨基酸、氮素等作为基质，产生出各种抗生物质、维生素及酶，可以直接抑制病原菌。提前获取有害病菌增殖所需要的基质，从而抑制它们的增殖，并创造出其他有益微生物增殖的生存环境。对难分解的木质素、纤维素、甲壳素等具有降解作用，并容易被动植物吸收，增强动植物对各种病害的抵抗力和免疫力。促进固氮菌和VA菌增殖。
16、光合菌
以土壤接受的光和热为能源，将土壤中硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质。以植物根部的分泌物、土壤中的有机物、有害气体(硫化氢等)及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主要力量。光合菌群的代谢物质可以被植物直接吸收，还可以成为其他有益微生物繁殖的养分。
17、乳酸菌
靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。
18、酵母菌
利用植物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其他有机物质产生发酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性物质。给可促进其他有效微生物(如乳酸菌、放线菌)增殖所需要的基质，提供重要的给养保障。产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的养分。
19、米曲霉菌
使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并将嗜热、耐热细菌、真菌、酵母菌菌株及相关分解酶复合而成，降解能力强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和提高养分的效果；
20、黑曲霉菌
裂解大分子有机物和难溶无机物，便于作物吸收利用，改善土壤结构，增强土壤肥力，提高作物产量；
21、绿色木霉菌
是所产纤维素酶活性最高的菌株之一，所产生的纤维素酶对作物有降解作用，效果非常好，同时又是一种资源丰富的拮抗微生物，具有保护和治疗双重功效，可有效防治土传性病害。
22、哈茨木霉菌
在植物根围、叶围生长并形成“保护罩”，以防止根部病原真菌的侵染；能分泌酶及抗生素类物质，分解病原真菌的细胞壁；代谢产生木聚糖酶，提高植株抗逆性；用来预防由腐霉菌、立枯丝核菌、镰刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盘菌、齐整小核菌等病原菌引起的植物病害。
23、棘孢木霉菌
产生Fe3+还原酶、异羟肟酸型嗜铁素和有机酸，促进铁的溶解及转化，提高土壤有效铁含量，促进植株对铁的吸收；产生吲哚乙酸和抑制ACC脱氨酶活性的物质，促进作物生长；活化养分，释放不溶性磷；产生乳酸等有机酸，对杀菌抑菌作用。
24、淡紫紫孢菌
淡紫紫孢菌属于内寄生性真菌，是一些植物寄生线虫与白色胞囊线虫的重要天敌，能够寄生于卵，也能侵染幼虫和雌虫，有效预防和治疗根结线虫、包囊线虫、茎线虫等引起的植物病害，是防治根结线虫最有前途的生防制剂，淡紫拟青霉菌对根结线虫的抑制机理是淡紫拟青霉与线虫卵囊接触后，在粘性基质中，生防菌菌丝包围整个卵，菌丝末端变粗，由于外源性代谢物和真菌几丁质酶的活动使卵壳表层破裂，随后真菌侵入并取而代之，也能分泌毒素对线虫起毒杀作用；同时也可预防和治疗由半翅目的荔枝蝽蟓、稻黑蝽；同翅目的叶蝉、褐飞虱；等翅目的白蚁；鞘翅目的甘薯象鼻虫以及鳞翅目的茶蚕、灯蛾等引起的作物病害；可分泌合成多种有机酸、霉、类生长素等生理活性物质等，改善土壤环境，快速恢复根系生理机能提高作物抗性，提高作物光合作用，促进早熟增产；重建土壤微生物环境，有效抑制土传病害，克服连作障碍；提高作物光合作用，促进早熟增产；另外还具有溶磷和降解农残的功效，具有高效、安全、绿色无污染、无残留等优点，是一种纯天然生物农药和肥料。
25、球孢白僵菌
孢子接触到虫体后，在适宜的温度和温度条件下萌发，生长芽管穿透虫体壁伸人虫体内，产生大量菌丝和分泌毒素（白僵菌素），影响血液循环，干扰新陈代谢，使害虫生病，约经4-5天后死亡，有效预防玉米螟、蛴螬、蝗虫、蔬菜蚜虫、马铃薯甲虫、松褐天牛、白蚁、茶小绿叶蝉、桃小食心虫等多种虫害。
26、金龟子绿僵菌
能够寄生于多种害虫的一类杀虫真菌，通过体表入侵作用进入害虫体内，在害虫体内不断增繁殖通过消耗营养、机械穿透、产生毒素，并不断在害虫种群中传播，使害虫致死，主要用于防治金龟子、象甲、金针虫、蛾蝶幼虫、蝽和蚜虫等害虫。
27、丝状菌
能和其他微生物共存，尤其对土壤中酯的生成有良好效果。酒精生成力强，能防止蛆和其他害虫的发生，并可以消除恶臭。
28、EM菌
由双岐菌、乳酸菌、芽孢杆菌（地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等）、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺单独扩培、发酵、喷雾干燥而成的高效复合微生物菌种；
